$ godel NOTICE TO USERS: This computer and the University systems accessed from it are for official University business use as authorized by the Virginia Commonwealth University Computer and Network Resources Use Policy. see https://go.vcu.edu/computer-use Monitoring and recording of users' activities may occur when there is reasonable suspicion of unauthorized activity and may be used in administrative, civil, and criminal action against an individual. Anyone using this system expressly consents to such monitoring. Last login: Wed Mar 7 16:38:46 2018 from 128.172.44.118 NOTICE TO USERS: This computer and the University systems accessed from it are for official University business use as authorized by the Virginia Commonwealth University Computer and Network Resources Use Policy. see https://go.vcu.edu/computer-use Monitoring and recording of users' activities may occur when there is reasonable suspicion of unauthorized activity and may be used in administrative, civil, and criminal action against an individual. Anyone using this system expressly consents to such monitoring. godel1 CentOS release 5.11 (Final) Kernel 2.6.18-238.12.1.el5 on an 8-processor x86_64 $ qrsh ... $ $ dDocent -bash: dDocent: command not found $ cat ~/.condarc channels: - bioconda - conda-forge - defaults - r $ $ cd ~ $ bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh Welcome to Miniconda2 4.3.31 In order to continue the installation process, please review the license agreement. Please, press ENTER to continue >>> ==================================== Miniconda End User License Agreement ==================================== Copyright 2015, Anaconda, Inc. All rights reserved under the 3-clause BSD License: Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification, are permitted provided that the following conditions are met: * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer. * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer in the documentation and/or other materi als provided with the distribution. * Neither the name of Continuum Analytics, Inc. (dba Anaconda, Inc.) ("Continuum") nor the names of its contributors may be used to endorse or promote products derived f rom this software without specific prior written permission. THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL CONTINUUM BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CO NSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AN D ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN I F ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE. Notice of Third Party Software Licenses ======================================= Miniconda contains open source software packages from third parties. These are available on an "as is" basis and subject to their individual license agreements. These lice nses are available in Anaconda or at https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/pkg-docs . Any binary packages of these third party tools you obtain via Anaconda are subj ect to their individual licenses as well as the Anaconda license. Continuum reserves the right to change which third party tools are provided in Miniconda. Cryptography Notice =================== This distribution includes cryptographic software. The country in which you currently reside may have restrictions on the import, possession, use, and/or re-export to anot her country, of encryption software. BEFORE using any encryption software, please check your country's laws, regulations and policies concerning the import, possession, or use, and re-export of encryption software, to see if this is permitted. See the Wassenaar Arrangement for more information. Continuum has self-classified this software as Export Commodity Control Number (ECCN) 5D002.C.1, which includes information security software using or performing cryptogra phic functions with asymmetric algorithms. The form and manner of this distribution makes it eligible for export under the License Exception ENC Technology Software Unrest ricted (TSU) exception (see the BIS Export Administration Regulations, Section 740.13) for both object code and source code. In addition, the Intel(TM) Math Kernel Library contained in Continuum's software is classified by Intel(TM) as ECCN 5D992b with no license required for export to non-embargoed countries. The following packages are included in this distribution that relate to cryptography: openssl The OpenSSL Project is a collaborative effort to develop a robust, commercial-grade, full-featured, and Open Source toolkit implementing the Transport Layer Security ( TLS) and Secure Sockets Layer (SSL) protocols as well as a full-strength general purpose cryptography library. pycrypto A collection of both secure hash functions (such as SHA256 and RIPEMD160), and various encryption algorithms (AES, DES, RSA, ElGamal, etc.). pyopenssl A thin Python wrapper around (a subset of) the OpenSSL library. kerberos (krb5, non-Windows platforms) A network authentication protocol designed to provide strong authentication for client/server applications by using secret-key cryptography. cryptography A Python library which exposes cryptographic recipes and primitives. Do you accept the license terms? [yes|no] [no] >>> Please answer 'yes' or 'no':' >>> yes Miniconda2 will now be installed into this location: /path/to/miniconda2 - Press ENTER to confirm the location - Press CTRL-C to abort the installation - Or specify a different location below [/path/to/miniconda2] >>> PREFIX=/path/to/miniconda2 installing: python-2.7.14-h1571d57_29 ... Python 2.7.14 :: Anaconda, Inc. installing: ca-certificates-2017.08.26-h1d4fec5_0 ... installing: conda-env-2.6.0-h36134e3_1 ... installing: libgcc-ng-7.2.0-h7cc24e2_2 ... installing: libstdcxx-ng-7.2.0-h7a57d05_2 ... installing: libffi-3.2.1-hd88cf55_4 ... installing: ncurses-6.0-h9df7e31_2 ... installing: openssl-1.0.2n-hb7f436b_0 ... installing: tk-8.6.7-hc745277_3 ... installing: yaml-0.1.7-had09818_2 ... installing: zlib-1.2.11-ha838bed_2 ... installing: libedit-3.1-heed3624_0 ... installing: readline-7.0-ha6073c6_4 ... installing: sqlite-3.20.1-hb898158_2 ... installing: asn1crypto-0.23.0-py27h7b0c810_0 ... installing: certifi-2017.11.5-py27h71e7faf_0 ... installing: chardet-3.0.4-py27hfa10054_1 ... installing: enum34-1.1.6-py27h99a27e9_1 ... installing: idna-2.6-py27h5722d68_1 ... installing: ipaddress-1.0.18-py27h337fd85_0 ... installing: pycosat-0.6.3-py27ha4109ae_0 ... installing: pycparser-2.18-py27hefa08c5_1 ... installing: pysocks-1.6.7-py27he2db6d2_1 ... installing: ruamel_yaml-0.11.14-py27h672d447_2 ... installing: six-1.11.0-py27h5f960f1_1 ... installing: cffi-1.11.2-py27ha7929c6_0 ... installing: setuptools-36.5.0-py27h68b189e_0 ... installing: cryptography-2.1.4-py27h6697b16_0 ... installing: wheel-0.30.0-py27h2bc6bb2_1 ... installing: pip-9.0.1-py27ha730c48_4 ... installing: pyopenssl-17.5.0-py27hcee3be0_0 ... installing: urllib3-1.22-py27ha55213b_0 ... installing: requests-2.18.4-py27hc5b0589_1 ... installing: conda-4.3.31-py27_0 ... installation finished. Do you wish the installer to prepend the Miniconda2 install location to PATH in your /path/to/.bashrc ? [yes|no] [no] >>> yes Appending source /path/to/miniconda2/bin/activate to /path/to/home/.bashrc A backup will be made to: /path/to/.bashrc-miniconda2.bak For this change to become active, you have to open a new terminal. Thank you for installing Miniconda2! $ $ $ dDocent -bash: dDocent: command not found $ $ $ conda update conda Fetching package metadata ................. Solving package specifications: . Package plan for installation in environment /path/to/miniconda2: The following packages will be UPDATED: conda: 4.3.31-py27_0 --> 4.3.34-py27_0 conda-forge Proceed ([y]/n)? y conda-4.3.34-p 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.49 MB/s $ $ $ conda install ddocent Fetching package metadata ................. Solving package specifications: . Package plan for installation in environment /path/to/miniconda2: The following NEW packages will be INSTALLED: bamtools: 2.4.1-1 bioconda bedtools: 2.26.0-0 bioconda bwa: 0.7.17-pl5.22.0_2 bioconda bzip2: 1.0.6-1 conda-forge cd-hit: 4.6.8-0 bioconda cmake: 3.5.0-3 conda-forge curl: 7.55.1-0 conda-forge ddocent: 2.2.25-bamtools2.4.1_2 bioconda expat: 2.2.5-0 conda-forge fontconfig: 2.12.6-0 conda-forge freebayes: 1.1.0.46-htslib1.7_3 bioconda freetype: 2.8.1-0 conda-forge gawk: 4.1.3-1 bioconda giflib: 5.1.4-0 conda-forge gmp: 6.1.2-0 conda-forge gnuplot: 5.0.3-4 bioconda grep: 2.14-1 bioconda htslib: 1.7-0 bioconda icu: 58.2-0 conda-forge jpeg: 9b-2 conda-forge krb5: 1.14.2-0 conda-forge libgcc: 7.2.0-h69d50b8_2 libgd: 2.2.5-3 conda-forge libiconv: 1.15-0 conda-forge libpng: 1.6.34-0 conda-forge libssh2: 1.8.0-2 conda-forge libtiff: 4.0.9-0 conda-forge libwebp: 0.5.2-7 conda-forge libxml2: 2.9.7-0 conda-forge llvm-meta: 5.0.0-0 conda-forge mawk: 1.3.4-0 bioconda mpfr: 3.1.5-0 conda-forge openjdk: 8.0.121-1 openmp: 5.0.0-1 conda-forge parallel: 20170422-pl5.22.0_0 bioconda pear: 0.9.6-3 bioconda perl: 5.22.0.1-0 conda-forge perl-threaded: 5.22.0-pl5.22.0_12 bioconda perl-vcftools-vcf: 0.953-3 bioconda rainbow: 2.0.4-0 bioconda samtools: 1.7-1 bioconda seqtk: 1.2-1 bioconda stacks: 2.0Beta8-pl5.22.0_1 bioconda trimmomatic: 0.36-5 bioconda unzip: 6.0-0 conda-forge vcflib: 1.0.0_rc1-1 bioconda vcftools: 0.1.14-5 bioconda velvet: 1.2.10-1 bioconda xz: 5.2.3-0 conda-forge The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel: conda-env: 2.6.0-h36134e3_1 --> 2.6.0-0 conda-forge Proceed ([y]/n)? y bzip2-1.0.6-1. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.48 MB/s cmake-3.5.0-3. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 21.68 MB/s conda-env-2.6. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 709.16 kB/s expat-2.2.5-0. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 21.94 MB/s giflib-5.1.4-0 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 18.04 MB/s gmp-6.1.2-0.ta 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 24.16 MB/s grep-2.14-1.ta 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 18.02 MB/s icu-58.2-0.tar 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 30.23 MB/s jpeg-9b-2.tar. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 30.91 MB/s krb5-1.14.2-0. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 21.98 MB/s libiconv-1.15- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 29.63 MB/s llvm-meta-5.0. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.17 MB/s openjdk-8.0.12 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:02 29.76 MB/s perl-5.22.0.1- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 27.88 MB/s unzip-6.0-0.ta 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 17.26 MB/s xz-5.2.3-0.tar 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 23.85 MB/s libgcc-7.2.0-h 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 26.25 MB/s mpfr-3.1.5-0.t 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 27.83 MB/s openmp-5.0.0-1 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 22.90 MB/s parallel-20170 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 14.92 MB/s perl-threaded- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.50 MB/s trimmomatic-0. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 23.05 MB/s bamtools-2.4.1 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 22.30 MB/s bedtools-2.26. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 21.92 MB/s bwa-0.7.17-pl5 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 27.84 MB/s cd-hit-4.6.8-0 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 31.62 MB/s libpng-1.6.34- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 24.48 MB/s libssh2-1.8.0- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 21.14 MB/s libtiff-4.0.9- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 19.12 MB/s libxml2-2.9.7- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 20.78 MB/s mawk-1.3.4-0.t 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 32.14 MB/s pear-0.9.6-3.t 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 26.37 MB/s perl-vcftools- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 16.05 MB/s rainbow-2.0.4- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 19.33 MB/s seqtk-1.2-1.ta 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 15.69 MB/s vcflib-1.0.0_r 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:01 32.77 MB/s velvet-1.2.10- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.17 MB/s curl-7.55.1-0. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 28.86 MB/s freetype-2.8.1 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 24.90 MB/s gawk-4.1.3-1.t 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 22.12 MB/s libwebp-0.5.2- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 28.73 MB/s stacks-2.0Beta 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 12.58 MB/s vcftools-0.1.1 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 23.28 MB/s fontconfig-2.1 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 28.90 MB/s htslib-1.7-0.t 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 25.16 MB/s samtools-1.7-1 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 26.56 MB/s freebayes-1.1. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 25.39 MB/s libgd-2.2.5-3. 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 26.78 MB/s gnuplot-5.0.3- 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 26.50 MB/s ddocent-2.2.25 100% |###########################################################################################################################| Time: 0:00:00 26.55 MB/s $ $ dDocent dDocent 2.2.25 Contact jpuritz@gmail.com with any problems Checking for required software All required software is installed! ls: cannot access *.F.fq.gz: No such file or directory ls: cannot access *.F.fq.gz: No such file or directory dDocent run started Sat Mar 10 16:59:52 EST 2018 0 individuals are detected. Is this correct? Enter yes or no and press [ENTER] xyz Incorrect Input $ $ cat ~/.condarc channels: - bioconda - conda-forge - defaults - r $